Rakenduskava haldamise projekti eesmärk on tagada ELi struktuurifondide tõhus haldamine. Projektiga nähakse ette Keskkonnaministeeriumi keskkonnaprojektide juhtimisametile usaldatud ELi struktuurifondide haldusülesannete täitmisega seotud kulude rahastamine, nagu on sätestatud rahandusministri 28. oktoobri 2014. aasta käskkirjaga nr 1K-337, millega kiidetakse heaks tehnilise abi haldamise eeskiri, kinnitatud tehnilise abi haldamise eeskirjas.