Glavni cilj je zagotoviti nemoteno in učinkovito izvajanje operativnih programov: POIG, POKL in POPC. POPT zagotavlja finančna sredstva za vodenje postopkov na področju priprave, upravljanja, izvajanja, spremljanja, ocenjevanja in nadzora izvajanja ter obveščanje in promocijo programov Unije.