Programsko območje Interreg Srednje Evrope (CE) zajema ozemlje devetih držav članic EU, tj. Avstrije, Hrvaške, Češke, Madžarske, Poljske, Slovaške in Slovenije ter delov Nemčije in Italije. Predstavlja 23 % ozemlja EU in zajema države z obeh strani nekdanje železne zavese. Kljub velikemu napredku so gospodarske in socialne razlike med „vzhodnimi“ in „zahodnimi“ državami še vedno izrazite. Za območje je značilna neenakomerna porazdelitev gospodarske moči, ki je zakoreninjena v zgodovinskem, političnem in gospodarskem razvoju (razkorak med vzhodom in zahodom: komandno gospodarstvo v primerjavi s tržnim gospodarstvom) ter strukturne razlike med regijami (mestna in industrializirana območja v primerjavi s podeželskimi in obrobnimi območji). Raziskave in razvoj (R &D) ter naložbe so skoncentrirane v maloštevilnih, večinoma urbanih središčih rasti, vključno z aglomeracijami glavnih mest, kot so Varšava, Praga, Berlin, Dunaj in Budimpešta. Zato podeželska in obrobna območja pogosto kažejo nižjo konkurenčnost v kombinaciji s pomembnim begom možganov. Prav tako je mogoče opaziti socialne razlike v Evropi, zlasti ob nekdanji „železni zavesi“ in vzhodni zunanji meji EU. V nedavni študiji so bili analizirani glavni izzivi za regijo CE, ki so bili opredeljeni kot: a) globalizacija, b) digitalno gospodarstvo, c) promet in dostopnost, d) energija, e) krožno gospodarstvo/okolje, f) podnebne spremembe, g) zaposlovanje in spretnosti, h) socialna tveganja, i) demografske spremembe/migracije in j) upravljanje. V študiji je bilo ugotovljeno, da je CE funkcionalno območje in da ta funkcionalnost ne temelji le na geografski bližini držav, temveč na prostorskih interakcijah in povezavah v različnih sektorjih, kot so ekonomija in poslovanje, upravljanje itd. S tem poudarkom na funkcionalni geografiji CE je projekt dobro zasidran v okviru evropske politike glede na cilje evropskega regionalnega razvoja in kohezijske politike za prihodnje obdobje financiranja 2021–2027. Osnutek uredbe o evropskem teritorialnem sodelovanju uvaja pojem funkcionalnih področij, zato se lahko metodologija in pristop, ki sta ju preizkusila CE-FLOWS na območju CE, uporabita pri analizi funkcionalnih odnosov na drugih nadnacionalnih področjih programa Interreg zunaj štirih makroregionalnih strateških območij (npr. jugozahodna Evropa, severozahodna Evropa, Sredozemsko morje, regija Severnega morja). Poleg tega se lahko metodologija, razvita v CE-FLOWS, uporablja v manjšem obsegu od transnacionalnega obsega, tj. za zajemanje dinamike in tokov na čezmejni ravni. Analiza v okviru CE-FLOWS upošteva tudi dopolnjevanje in sinergije z drugimi instrumenti in politikami EU, vključno z makroregionalnimi strategijami. Boljše razumevanje tokov in soodvisnosti v okviru CE bo omogočilo povečanje učinkov drugih instrumentov politike EU z boljšim usklajevanjem in vrednotenjem sinergij ter okrepilo povezave med CE in drugimi sosednjimi funkcionalnimi območji. To bo še okrepilo sodelovanje med zainteresiranimi stranmi in ozemlji, kar bo privedlo ne le do učinkovitega celostnega teritorialnega razvoja funkcionalnega območja CE, ampak glede na njegovo lokacijo v osrčju Evrope in njegov gospodarski pomen, večjo kohezijo v celotni EU.