Velik izziv v Podonavju je najti pravo ravnovesje med ohranjanjem, varstvom in izboljšanjem ekosistemov ter njihovo trajnostno rabo. Eko KARST obravnava 7 zavarovanih kraških območij v sedmih različnih državah s skupnimi značilnostmi (npr. posebne biološke/hidromorfološke značilnosti itd.) in podobnimi problemi (pomanjkljivo gospodarjenje z naravo in gozdovi, izkoriščanje vode in onesnaževanje itd.). Omejene zmogljivosti za obvladovanje vplivov degradacije ekosistemov se še poslabšujejo zaradi pomanjkanja ustreznega znanja in ukrepov v zvezi z opredmetenimi in nematerialnimi koristmi ekosistemskih storitev (ES). Tako je glavni cilj prispevati k varstvu in trajnostnemu razvoju kraških bioregij v Podonavju na podlagi njihove cenjene ES. Projekt ECO KARST gradi na priložnosti, da se naravna dediščina sedmih zavarovanih območij uporabi kot dejavnik gospodarskega razvoja, ki temelji na trajnostnem upravljanju, ki se zaveda ranljivosti kraških ekosistemov, pomembnosti njihovih ES in realnih priložnosti za biotsko raznovrstnost (PBB). ECO KARST bo vključeval različne javne in zasebne akterje, ki bodo s krepitvijo zmogljivosti, povezovanjem v mreže in prenosom znanja izvajali lokalne participativne valorizacije ES ter skupaj razvili 7 lokalnih akcijskih načrtov in 1 skupno strategijo, ki bo nadgradila ohranjanje narave in olajšala zagon PBB v Podonavju. Rezultat bo izboljšano upravljanje in trajnostni razvoj kraških bioregij, ki jih bo vodila večja ozaveščenost o ES in večje število predanih PBB podjetnikov. ECO KARST bo PBB predstavil kot realističen in obetaven nov poslovni model za podjetnike na pilotnih področjih (najboljše ideje PBB bodo široko promovirane). PP, ključne zainteresirane strani in ciljne skupine bodo vzpostavile/povečale njihovo sodelovanje ter oblikovale nove lokalne in nadnacionalne mreže za izmenjavo in promocijo izkušenj. Smernice za uvedbo ES in PBB bodo služile kot zbirka orodij za celotno Podonavje in dinarsko regijo.