Naša gostujoča ekipa EA2656, GRAM 2.0 (Military Adaptation Research Group) je edinstvena ekipa, bi-stran v cotutal med univerzami Caen in Rouen. Je del Združenja Hospitalo-Universitaire (FeNOMIH), ki združuje storitve bakteriologije, virologije, parazitologije/mikologije, bolnišnične higiene in infekciologije CHU v Caenu in Rouenu. Skupina GRAM 2.0 ima 2 nacionalna referenčna centra za prenosljive bolezni (ošpice/mumps/rubella, HIV). Zato ima veliko sredstev za učinkovito doseganje ciljev projekta DynaMic-H. K tem sredstvom dodajte vključitev oddelkov za splošno medicino UFR Santé of Caen in Rouen v ta projekt, ki sodelujejo pri vzorčenju in zbiranju podatkov v primarnem zdravstvenem varstvu. Gre za mrežo zdravstvenih delavcev v stiku s splošnim prebivalstvom, ki je zelo dragocena za opis konteksta pridobivanja patogenov v primarnem zdravstvenem varstvu. Projekt DynaMic-H temelji na integrativnem pristopu k infekcijski patologiji ob upoštevanju vpliva dinamike sprememb v ravnovesju mikrobiomov. Te združbe mikrobnih vrst kolonizirajo naš organizem skozi vse življenje. Ta raziskovalni projekt se osredotoča na človeški mikrobiom (ali mikrobiota), ki je opredeljen kot vse bakterije, virusi, glive in drugi mikroorganizmi, ki so prisotni v različnih oddelkih ali ekoloških nišah našega organizma. Namen projekta DynaMic-H je preučiti mikrobiome in njihove interakcije z virusnimi in bakterijskimi okužbami. Zaradi strokovnih področij članov GRAM 2.0 je glavna sestavina orofaringealni dihalni mikrobiom in vključuje tudi dve pilotni študiji, ki vključujeta enterični predel in sečnino/vaginalni predel. Vzorci bodo izbrani in pripravljeni za visoko debitno metatrankriptomsko sekvenciranje brez a priori optimizirane mešane optimizacije (dolga zaporedja in kratka tehnologija Nanopore in Illumina), ki omogoča bioinformatično analizo številčnosti in funkcionalnega izražanja mikrobnih genov. Multivariantne analize podatkov z visokim pretokom bodo opredelile profile, povezane s preskušenimi spremenljivkami. Temeljili bodo na cevovodih za bioinformatiko, ki so bili razviti in so že na voljo, prilagojeni računalniški in shranjevalni zmogljivosti, ki so na voljo na lokalni ravni, ter že na voljo transkriptomika in (meta)genomika pilotnih projektov in sodelavcev.
