Organ upravljanja OPANEK je odgovoren za pripravo in spremembo načrta vrednotenja operativnega programa v skladu s smernicami nacionalnega usklajevalnega organa (NAC) za načrtovanje in spremljanje vrednotenj ter razširjanje rezultatov vrednotenj v programskem obdobju 2014–2020. Da bi izboljšali izvajanje EPANEK, je predvidenih 6 ocen tekočih ukrepov, zlasti v smislu njihove uspešnosti in učinkovitosti, pa tudi opredelitev morebitne potrebe po spremembi ciljne usmerjenosti. Podatki teh vrednotenj bodo zagotovili tudi potrebno dokumentacijo letnih poročil. Ocene zadevajo ukrepe v zvezi s prednostnimi naložbami z znatnim proračunom, za katere se pričakuje, da bodo imeli napredni fizični obseg, in sicer ukrepe Evropskega socialnega sklada (ESS), raziskave, tehnološki razvoj in inovacije (EBRD), podjetništvo, varčevanje z energijo in širokopasovna omrežja (prednostne naložbe 11i, 8iii, 8v, 1a, 1b, 3a, 3d, 4c, 2a), ki naj bi se izvajale v obdobju 2018–2019. Proti koncu programskega obdobja in do konca leta 2021 je načrtovanih 13 ocen učinka, odvisno od časovnega okvira za dokončanje ukrepov – nekatere se pričakujejo že v letu 2018 – za vse specifične cilje EPANIEK, od katerih bodo nekateri ocenjeni skupaj (podjetje, raziskave, ESS, okolje), pri čemer bo po možnosti ocenjena sektorska in prostorska razsežnost ukrepov. Študije učinka bodo poleg analize učinka vključevale tudi analizo uspešnosti, učinkovitosti in ustreznosti ter trajnosti, skladnosti in dodane vrednosti izvedenih ukrepov, odvisno od narave obravnavanih specifičnih ciljev. Metodologija, ki jo je treba uporabiti, sodi v oceno učinka, ki temelji na teoriji in bo prilagojena naravi ukrepov ovrednotenih prednostnih naložb. V dveh od njih, in sicer pri ocenah učinka ukrepov za podjetništvo v okviru tematskih ciljev 1 in 3, se lahko uporabijo ocene hipotetičnega učinka, da se primerjajo s tistimi, ki jih nacionalni strateški referenčni okvir za obdobje 2014–2020 ne podpira. Zbiranje podatkov se načrtuje z vprašalniki, razgovori, terenskimi raziskavami, zbiranjem statističnih podatkov itd. Leta 2022 je sestava zgornjih ocen načrtovana v 1 sintetični oceni učinka po osi in po prednostnih naložbah EPANEK, ki bo vključevala oceno učinka ukrepov tehnične pomoči in povzetek rezultatov ocen.
