Podpora in povračilo odhodkov za plače za upravno zmogljivost organa upravljanja za operativni program tehnične pomoči (RO OP TP), oddelka za upravno zmogljivost skladov ESI (skladi ESI AK), plačilne enote za operativni program tehnične pomoči (OPTP), vključene v sistem upravljanja in izvajanja skladov ESI v programskem obdobju 2014–2020 na ravni partnerskega sporazuma Slovaške republike za obdobje 2014–2020 (PD SR), sta bistvena pogoja za doseganje učinkovitega in uspešnega upravljanja in izvajanja skladov ESI. V skladu z resolucijo slovaške vlade št. 519/2014 naloge urada slovaške vlade opravljajo OU OP TP, PJ OP TP, AK skladi ESI v programskem obdobju 2014–2020. Nacionalni organ in nacionalna kontaktna točka za programe nadnacionalnega sodelovanja in evropsko teritorialno sodelovanje sta vključena v sistem upravljanja evropskih strukturnih in investicijskih skladov na ravni slovaškega PD. Programa evropskega teritorialnega sodelovanja Interreg Srednja Evropa 2014–2020 in Interreg Podonavski nadnacionalni program 2014–2020 imata pomembno vlogo pri opredeljevanju področij, ki bodo prejela pomoč v okviru novih operativnih programov PP PP. Urad Vlade Slovaške republike je organ, pristojen za pripravo in izvajanje programov nadnacionalnega sodelovanja in evropskega teritorialnega sodelovanja v smislu Resolucije slovaške vlade št. 604/2013. Slovaška vlada je v Resoluciji št. 318/2014 odobrila program sodelovanja v Srednji Evropi 2020, resolucija slovaške vlade št. 34/2015 pa je odobrila nadnacionalni program za Podonavje za obdobje 2014–2020. Podpora upravni zmogljivosti nacionalnega organa in nacionalne kontaktne točke za nadnacionalno sodelovanje in programe evropskega teritorialnega sodelovanja v programskem obdobju 2014–2020 je predpogoj za učinkovito pripravo in izvajanje programov nadnacionalnega sodelovanja.