Em resposta às recomendações da Comissão Europeia (CE) na revisão dos primeiros planos de gestão das bacias hidrográficas (PGBH) e em conformidade com os requisitos da legislação nacional e europeia em matéria de política da água, o número de poluentes prioritários e específicos necessários para a monitorização foi aumentado e foram introduzidas novas matrizes de monitorização. Tal exige o desenvolvimento e a introdução de métodos adicionais para a sua análise e a aquisição da técnica analítica de precisão necessária para o efeito. Este objetivo só pode ser alcançado depois de os laboratórios da Agência de Execução para o Ambiente terem sido equipados com o equipamento principal e auxiliar para amostragem, preparação de amostras e armazenamento de amostras. Tal assegurará uma maior fiabilidade e comparabilidade dos dados e a AEA cumprirá os requisitos da Diretiva-Quadro Água 2000/60/CE, poderá aplicar os planos de gestão da bacia hidrográfica 2016-2021, o programa de monitorização da rede transnacional de monitorização no âmbito da Convenção para a Proteção do Rio Danúbio e das Afluências (TNMN).