Il nostro team di hosting EA2656, GRAM 2.0 (Military Adaptation Research Group) è un team unico, bi-sito in cotutal tra le università di Caen e Rouen. Fa parte di una Federazione Hospitalo-Universitaire (FeNOMIH) che riunisce i servizi di batteriologia, virologia, parassitologia/micologia, igiene ospedaliera e infettiologia delle CHU di Caen e Rouen. Il team GRAM 2.0 dispone di 2 Centri di Riferimento Nazionali Malattie Trasmissibili (morbillo/mumpa/rubella, HIV). Ha quindi molte risorse per raggiungere efficacemente gli obiettivi del progetto DynaMic-H. Aggiungere a questi asset l'integrazione in questo progetto dei Dipartimenti di Medicina Generale dell'UFR Santé di Caen e Rouen, coinvolti nel campionamento e nella raccolta dei dati nell'assistenza primaria. Si tratta di una rete di operatori sanitari a contatto con la popolazione generale, molto preziosa per descrivere il contesto dell'acquisizione di agenti patogeni nell'assistenza primaria.Il progetto DynaMic-H si basa su un approccio integrativo alla patologia infettiva tenendo conto dell'influenza delle dinamiche dei cambiamenti nell'equilibrio dei microbiomi. Queste comunità di specie microbiche colonizzano il nostro organismo per tutta la vita. Interagiscono in modo significativo con le nostre attività fisiologiche, in particolare con i sistemi immuni, metabolici e neurocognitivi.Questo progetto di ricerca si concentra sul microbioma umano (o microbiota), che è definito come tutti i batteri, virus, funghi e altri microrganismi presenti nei vari compartimenti o nicchie ecologiche del nostro organismo. Il progetto DynaMic-H mira a studiare i microbiomi e le loro interazioni con infezioni virali e batteriche. Grazie alle aree di competenza dei membri GRAM 2.0, la componente principale è il microbioma respiratorio orofaringeo e comprende anche due studi pilota, che coinvolgono il compartimento enterico e il compartimento urinario/vaginale. I campioni saranno selezionati e preparati per un sequenziamento meta-transcriptomico ad alto debito senza a priori ottimizzato misto ottimizzato (sequenze lunghe e tecnologia corta Nanopore e Illumina) consentendo l'analisi bioinformatica dell'abbondanza e dell'espressione funzionale dei geni microbici. Analisi multivariate di dati ad alto flusso individueranno i profili associati alle variabili testate. Si baseranno su condutture di bioinformatica sviluppate e già disponibili, adattate capacità informatiche e di archiviazione disponibili localmente, nonché su trascrizione e (meta)genomica già disponibili di progetti pilota e collaboratori.
