Le bassin versant Garonne Dordogne est un des derniers bassins dans lequel sont encore présentes toutes les espèces de grands migrateurs amphihalins. L'objectif principal du programme est la préservation des espèces migratrices que sont les aloses, les lamproies et l'anguille. Plusieurs axes de travail sont développés sur les bassins Garonne Dordogne Leyre, Lacs Médocains et affluents du bassin d'Arcachon dont des actions de suivis de reproduction et d'état général des populations. La mise en place d'actions concrètes de restauration de la continuité écologique participe à l'amélioration des habitats essentiels à leur croissance et à leur développement.