A) Dans le cadre du présent projet de R-D, nous intégrons des technologies génomiques de pointe dans les programmes de recherche des groupes d’ateliers de recherche. L’objectif du projet est de faire en sorte que nos programmes de recherche soient à l’avant-garde internationale de leur domaine d’expertise et que, grâce aux différentes applications et développements technologiques mis en œuvre dans le projet, nous créions un centre durable d’excellence en R & D & I. Le présent programme de recherche est basé sur le développement de l’infrastructure de R & D du GINOP-2.3.3.-15 «Développement de l’infrastructure de R & D du centre de connaissances et de services en sciences végétales basé sur des technologies de pointe à l’Université de Pannonia». Dans le cadre de cet appel d’offres, entre autres, un dispositif Microarray Titan MC utilisant la technologie Axiom est acheté, qui a été commercialisé il y a 5 ans et n’est disponible que dans notre institution dans la région d’Europe centrale de 18 pays. Le système Axiom offre une palette d’études exponentiellement plus large que n’importe quel autre système de microréseaux, et la répétabilité des résultats expérimentaux est pratiquement de 100 %. En outre, le système est suffisamment flexible, de sorte qu’il est également adapté au développement de réseaux sur la base de ses propres recherches. Un autre appareil QuantStudio 7 qPCR (LifeTechnologies) est acheté dans notre appel d’offres pour le développement des infrastructures, qui est un autre élément clé des études menées dans le cadre de ce projet. Le troisième élément clé est la technologie de séquençage de nouvelle génération d’Illumina, conçue pour les tests de petits échantillons, mais aussi pour le séquençage court des plus grands génomes, et donc système extrêmement flexible, NextSeq 500 System, que nous souhaitons acquérir dans le présent projet. La disponibilité combinée de ces trois technologies de génomique de haute technologie offre une gamme complexe, flexible et très large d’options de test, comme suit: 1. En une seule réaction, nous pouvons tester des centaines d’échantillons avec la technologie des microréseaux. Nous recevons des dizaines de milliers de génomes par échantillon. Par conséquent, cette méthode est utilisée pour la détection simultanée rapide des variations d’un grand nombre de gènes connus. Le coût spécifique d’un échantillon est une fraction du séquençage génomique ou transcriptif total. 2. Dans chaque programme de recherche, les génotypes/échantillons les plus favorables et les plus défavorables sont séquencés à l’aide de NextSeq. Ici, dans la première étape, un génome de référence est créé à partir du génotype le plus précieux du test, puis le séquençage du transcriptom sur le même génotype est effectué et les gènes de travail sont localisés dans le génome de référence. De la même manière, nous préparons également la transcription du génotype le plus défavorable et nous caractérisons les différences entre les deux génotypes. Bien sûr, les génomes de référence disponibles dans les bases de données publiques seront d’une grande aide dans la compilation des génomes de référence constitués de nos propres génotypes précieux. 3. Les expressions des gènes et des variantes de gènes qui contrôlent la propriété telle que définie dans des études précédentes sont analysées à l’aide de qPCR pour les changements d’expression à divers stades de développement, tissus et effets environnementaux. À l’aide de ces tests, on peut interpréter le contexte génétique de propriétés complexes telles que les réponses au stress biotique, la capacité d’utilisation de l’azote ou la tolérance à la sécheresse. Parmi les programmes des groupes d’ateliers de recherche, la sélection de résistance à la pomme de terre, l’élevage des porte-greffes et de la noblesse, l’élevage du paprika, les expériences arables à long terme et l’élevage porcin ont une histoire de plus de 50 ans et ont une grande reconnaissance internationale dans leur domaine d’expertise. Ils ont une histoire de décennies et, grâce à la coopération internationale ces dernières années, nos recherches sur l’alimentation des volailles se développent de manière dynamique. Une nouvelle recherche est notre vaste programme de développement génomique et technologique sur les abeilles mellifères, dans lequel nous travaillons également avec des partenaires hongrois et étrangers. En outre, nous disposons d’une banque de gènes de poire, de pomme de terre et de raisin contenant des ressources génétiques précieuses, en particulier des gènes de résistance, qui constituent une étape importante pour rendre nos projets d’élevage plus efficaces. La plate-forme Titan MC (technologie Axiom microarray) est apparue il y a 5 ans, tandis que NextSeq et QuantStudio 7 qPCR ont été publiées il y a 2-3 ans. La nouveauté de la recherche est la construction de ces 3 technologies de haute technologie l’une sur l’autre: la technologie des microréseaux décrit les matériaux d’essa...