La restauration de la continuité écologique est un enjeu majeur en Gironde, vu sa situation à l'aval du bassin Adour-Garonne et le grand nombre d'ouvrages prioritaires de ce territoire. Face à l'ampleur du travail à mener, la FDAAPPMA33 s'est portée maître d'ouvrage pour assurer une mission d'animation sur la continuité écologique, puis pour porter une étude départementale visant à aboutir à des projets de mises aux normes d'une trentaine d'ouvrages obstacles à la continuité écologique. Enfin, afin d'évaluer l'efficacité des travaux envisagés, la Fédération réalise un suivi pilote avant-après restauration de la continuité écologique sur la rivière Saucats. Il s'agit d'un suivi qui n'existe pas en Gironde et reste rare en Adour-Garonne.