La biodiversité est fortement impactée par les activités anthropiques qui sont à l'origine de la modification du fonctionnement de nos milieux (introduction d'espèces envahissantes, fragmentation des continuités longitudinales ou latérales des cours d'eau). La Fédération porte des actions d'acquisition d'indicateurs afin d'améliorer la connaissance sur les espèces et habitats menacés tout contribuant à la reconquête des milieux humides dégradés et des continuités écologique de nos cours d'eau. La réalisation d'un tel projet n'est rendu possible qu'à travers la sensibilisation du plus grand nombre à la fragilité de notre environnement et l'animation d'un réseau d'acteurs (institutionnels et gestionnaire).