A) Käesolevas R & D projektis integreerime genoomilised tipptasemel tehnoloogiad uurimistöökodade rühmade uurimisprogrammidesse. Projekti eesmärk on tagada, et meie uurimisprogrammid oleksid rahvusvaheliselt esirinnas nende pädevusvaldkonnas ning et tänu projektis rakendatud erinevatele rakendustele ja tehnoloogilistele arengutele loome jätkusuutliku R & D & I tipptaseme keskuse. Käesolev uurimisprogramm põhineb võitnud GINOP-2.3.3.-15 R & D infrastruktuuri arendamisel Pannonia ülikooli tipptehnoloogial põhineva jaamateaduse teadmiste- ja teeninduskeskuse D infrastruktuuri arendamisel. Selles pakkumises muu hulgas ostetakse Titan MC mikroarray seade Axiom tehnoloogia, mis on turustatud 5 aastat tagasi ja on saadaval ainult meie institutsiooni Kesk-Euroopa piirkonnas 18 riigis. Axiom süsteem pakub eksponentsiaalselt laiemat uuringupaletit kui ükski teine mikroarray süsteem ja katsetulemuste korratavus on praktiliselt 100 %. Lisaks on süsteem piisavalt paindlik, nii et see sobib ka massiivi arendamiseks, mis põhineb tema enda uuringutel. Teine QuantStudio 7 qPCR seade (LifeTechnologies) ostetakse meie infrastruktuuri arendamise hankest, mis on veel üks selle projekti raames tehtud uuringute põhielemente. Kolmas võtmeelement on Illumina järgmise põlvkonna sekveneerimise tehnoloogia, mis on mõeldud väikeste proovide testimiseks, aga ka suurimate genoomide lühikeseks järjestamiseks ja seega äärmiselt paindlikuks süsteemiks NextSeq 500 System, mida soovime omandada käesolevas projektis. Nende kolme kõrgtehnoloogilise genoomika tehnoloogia kombineeritud kättesaadavus pakub keerulisi, paindlikke ja väga laia valikut testimisvõimalusi, mis on järgmised: 1. Ühes reaktsioonis saame testida sadu proove mikrokiire tehnoloogiaga. Me saame kümneid tuhandeid genoomisid proovi kohta. Seetõttu kasutatakse seda meetodit suure hulga teadaolevate geenide variatsioonide samaaegseks kiireks avastamiseks. Proovi erikulu on osa kogu genoomilisest või transkriptiivsest järjestusest. 2. Igas uurimisprogrammis on NextSeqi abil järjestatud kõige soodsamad ja ebasoodsamad genotüübid/proovid. Siin luuakse esimeses etapis võrdlusgenoomi katse kõige väärtuslikumast genotüübist, seejärel tehakse samale genotüübile transkripto sekveneerimine ja töötavad geenid paiknevad võrdlusgenoomis. Samuti valmistame ette kõige ebasoodsama genotüübi transkriptsiooni ja iseloomustame kahe genotüübi vahelisi erinevusi. Loomulikult on avalikes andmebaasides kättesaadavad viitegenoomid suureks abiks meie enda väärtuslikest genotüüpidest valmistatud viitegenoomide koostamisel. 3. Varasemates uuringutes määratletud omadust kontrollivate geenide ja geenivariantide ekspressioone analüüsitakse qPCRi abil ekspressiooni muutusteks erinevates arenguetappides, kudedes ja keskkonnamõjudes. Nende testide abil saab tõlgendada keeruliste omaduste, nagu biootiliste stressireaktsioonide, lämmastiku kasutamise võime või põuataluvuse geneetilist tausta. Uurimistöökodade rühmade programmide hulgas on kartuliresistentsuse aretus, viinapuude pookealused ja aadliaretus, paprika aretamine, põllukultuuride pikaajalised eksperimendid ja seakasvatus rohkem kui 50 aastat ja neil on suur rahvusvaheline tunnustus oma erialal. Neil on aastakümnete pikkune ajalugu ning tänu viimastel aastatel tehtud rahvusvahelisele koostööle arenevad meie kodulinnusööda uuringud dünaamiliselt. Uued teadusuuringud on meie ulatuslik meemesilaste genoomiline ja tehnoloogiline arenguprogramm, milles teeme koostööd ka partneritega Ungarist ja välismaalt. Lisaks on meil pirni-, kartuli- ja viinamarjageenipank, mis sisaldab väärtuslikke geeniressursse, eriti resistentsusgeene, mis on oluline samm meie aretusprojektide tõhusamaks muutmisel. B) R & D ülesanded Titan MC platvorm (Axiom microarray tehnoloogia) ilmus 5 aastat tagasi, NextSeq ja QuantStudio 7 qPCR ilmusid 2–3 aastat tagasi. Teadusuuringute uudsus on nende kolme kõrgtehnoloogilise tehnoloogia väljaehitamine: Microarray tehnoloogia kirjeldab üksikute katsematerjalide suurtes prooviuuringutes, seejärel võrreldes DNA profiilid saadud NextSeq kõige soodsam ja ebasoodsam genotüübid testitud omadused, ja ekspressiooni profiili geenid, mis määravad vara kontrolli (arengustaadium, keskkonnamõju, koetüüp, jne) uuritakse qPCR. Saadud tulemuste põhjal uus, konkreetne, st omanik
