Nuestro equipo de acogida EA2656, GRAM 2.0 (Military Adaptation Research Group) es un equipo único, bi-site en cotutal entre las universidades de Caen y Rouen. Forma parte de una Federación Hospitalo-Universitaria (FeNOMIH) que reúne los servicios de bacteriología, virología, parasitología/micología, higiene hospitalaria e infectiología de las UCH de Caen y Rouen. El equipo GRAM 2.0 cuenta con 2 Centros Nacionales de Referencia de Enfermedades Transmisibles (sarampión, paperas/rubéola, VIH). Por lo tanto, cuenta con muchos activos para cumplir eficazmente los objetivos del proyecto DynaMic-H. A estos activos se suma la integración en este proyecto de los Departamentos de Medicina General de la UFR Santé de Caen y Rouen, involucrados en el muestreo y recolección de datos en atención primaria. Es una red de profesionales de la salud en contacto con la población en general, muy valiosa para describir el contexto de adquisición de patógenos en la atención primaria. El proyecto DynaMic-H se basa en un enfoque integrador de patología infecciosa teniendo en cuenta la influencia de la dinámica de cambios en el equilibrio de microbiomas. Estas comunidades de especies microbianas colonizan nuestro organismo a lo largo de la vida. Interactúan significativamente con nuestras actividades fisiológicas, particularmente con los sistemas inmunes, metabólicos y neurocognitivos. Este proyecto de investigación se centra en el microbioma humano (o microbiota), que se define como todas las bacterias, virus, hongos y otros microorganismos presentes en los diversos compartimentos o nichos ecológicos de nuestro organismo. El proyecto DynaMic-H tiene como objetivo estudiar los microbiomas y sus interacciones con infecciones virales y bacterianas. Debido a las áreas de especialización de los miembros GRAM 2.0, el componente principal es el microbioma respiratorio orofaríngeo y también incluye dos estudios piloto, que involucran el compartimiento enterico y el compartimiento urinario/vaginal. Las muestras serán seleccionadas y preparadas para la secuenciación meta-transcriptómica de alto débito sin a priori optimizada mixta optimizada (secuencias largas y tecnología corta de Nanopore e Illumina respectivamente) permitiendo el análisis bioinformático de la abundancia y la expresión funcional de los genes microbianos. Los análisis multivariados de datos de alto flujo identificarán los perfiles asociados a las variables probadas. Se basarán en tuberías de bioinformática desarrolladas y ya disponibles, capacidades informáticas y de almacenamiento adaptadas disponibles localmente, y ya disponibles transcriptómicas y (meta)genómicas de proyectos piloto y colaboradores.
