Flodkräftan har från år 2000 bis år 2010 flyttats från hotkategori SÅRBAR bis akut hotad på den svenska Rödlistan. På norska Rödlistan är Flodkräfta klassad som starkt hotad. ETT av de största idag kända hoten mot arten utgörs av illegala utsättningar av den nordamerikanska signalkräftan. Signalkräftan är en så kallad vektor för svampsjukdomen kräftpest, en sjukdom som signalkräftan har evolutionära anpassningar för att överleva men som obönhörligen dödar samtliga smittade flodkräftor. Unter senare år har man inom arbetet med flodkräftor i både Sverige och Norge konstaterat att flera tidigare starka bestånd av flodkräftor minskat betydligt i populationsstorlek och att dessa har svårt att återgå till tidigare nivåer trots att ingen pestsmitta eller annan vattenkemisk analys kan förklara problemen försa sga bestånd. För att skapa möjligheter att bevara flodkräftan i både svenska och norska vatten behöver åtgärder sättas in. Befintliga metoder för att förhindra spridning av signalkräftor och kräftpest behöver vidareutvecklas och kompletteras med nya effektiva metoder. Man behöver också samla kunskap och undersöka orsaker bis svaga bestånd av flodkräftor där man tidigare haft starka flodkräftbestånd och där orsaken bis minskningen inte är kräftpest eller försurning. Projektet ska förbättra förhållanden och minska de regionala hoten för flodkräftan samt bekämpa signalkräfta och kräftpest. Genom projektets insatser, bl.a. en gränsöverskridande handlingsplan, möjliggörs på sikt en bättre förvaltning och ett effektivare bevarandearbete av hotade sötvattenskräftor.
