Unser Empfangsteam EA2656, GRAM 2.0 (Microbische Anpassungsforschungsgruppe) ist ein einzigartiges Team, zwei Standorten zwischen den Universitäten von Caen und Rouen. Sie ist Teil einer Föderation Hospitalo-Universitaire (FeNOMIH), die die Abteilungen Bakteriologie, Virologie, Parasitologie/Mykologie, Krankenhaushygiene und Infektiologie der CHU von Caen und Rouen umfasst. Das GRAM 2.0-Team verfügt über 2 nationale Referenzzentren für übertragbare Krankheiten (Röteln/Jumpen/Röhren, HIV). Sie verfügt daher über viele Vorteile, um die Ziele des DynaMic-H-Projekts wirksam zu erfüllen.Zu diesen Vorteilen sollten die Abteilungen für allgemeine Medizin der UFR-Gesundheit von Caen und Rouen, die an der Probenahme und Erhebung von Daten in der Grundversorgung beteiligt sind, in dieses Projekt integriert werden. Es handelt sich um ein Netzwerk von Angehörigen der Gesundheitsberufe, das in Kontakt mit der Allgemeinbevölkerung steht und sehr wertvoll ist, um den Kontext des Erwerbs von Krankheitserregern in der Grundversorgung zu beschreiben.Das DynaMic-H-Projekt basiert auf einem integrativen Ansatz zur Infektionskrankheit, wobei der Einfluss der Dynamik der Veränderungen des Gleichgewichts von Mikrobiomen berücksichtigt wird. Diese Gemeinschaften mikrobieller Arten besiedeln unseren Organismus das ganze Leben lang. Sie interagieren signifikant mit unseren physiologischen Aktivitäten, insbesondere mit dem Immunsystem, dem Stoffwechsel und dem neurokognitiven System.Dieses Forschungsprojekt konzentriert sich auf das menschliche Mikrobiom (oder Mikrobiota), das definiert wird als alle Bakterien, Viren, Pilze und andere Mikroorganismen, die in den verschiedenen ökologischen Kompartimenten oder Nischen unseres Organismus vorkommen. Das DynaMic-H-Projekt zielt auf die Untersuchung von Mikrobiomen und deren Wechselwirkungen mit viralen und bakteriellen Infektionen ab. Aufgrund der Fachgebiete der GRAM 2.0-Mitglieder bezieht sich der Hauptteil auf das oropharyngeale respiratorische Mikrobiom und umfasst auch zwei Pilotstudien, die das enterische Fach und das Harn-/Vaginal-Kompartiment interessieren.Die Proben werden für eine hohe meta-transkriptomische Sequenzierung ohne a priori optimierte Kombination (lange und kurze Nanopore-Technologie bzw. Illumina-Technologie) ausgewählt und vorbereitet, die die bioinformatische Analyse der Fülle und der funktionellen Expression mikrobieller Gene ermöglicht. Multivariate Analysen von Hochgeschwindigkeitsdaten ermöglichen es, Profile zu identifizieren, die mit den getesteten Variablen verknüpft sind. Sie werden sich auf aufbereitete und bereits verfügbare Bioinformatik-Pipelines, auf maßgeschneiderte lokal verfügbare Rechen- und Speicherkapazitäten sowie auf bereits verfügbare Transkriptomie- und (meta-)genomische Pilotprojekte und Mitarbeiter stützen.
