Hovedformålet er at sikre en gnidningsløs og effektiv gennemførelse af de operationelle programmer: POIG, POKL og POPC. POPT stiller finansielle midler til rådighed til håndtering af processer inden for forberedelse, forvaltning, gennemførelse, overvågning, evaluering og kontrol af gennemførelsen samt oplysning og fremme af EU-programmer.