Formålet med Pragkuponen til innovative projekter er at støtte det tværsektorielle samarbejde mellem forskningssektoren og innovationssektoren. Projektets specifikke mål er a) at fremme det første samarbejde mellem specifikke to partnere, at fremme det efterfølgende samarbejde mellem tidligere samarbejdspartnere. Målet vil blive nået ved at offentliggøre opfordringer til Pragkuponen til innovative projekter, hvorigennem ansøgeren vil yde støtte til SMV'er til køb af tjenesteydelser fra forskningsorganisationer.