Cleantech Kvarken-projektet har til formål at styrke forudsætningerne for, at små og mellemstore virksomheder i cleantech-sektoren kan drive forretning på de regionale, nationale og internationale markeder. Det sker ved at etablere grænseoverskridende samarbejde mellem byer, kommuner og offentligt ejede virksomheder, øge samarbejdet mellem cleantech-virksomhederne i regionerne, gennemføre fælles eksportinitiativer til markeder både i og uden for de nordiske lande samt tiltrække investeringer og etablering af nye virksomheder til regionerne.