Anlægget til oplagring af radioaktivt affald i Maišiagala (i det følgende benævnt "Maišiagala-lagringsanlægget") oplagrer usorteret og ubehandlet kortlivet og langlivet radioaktivt affald. I den omfattende sikkerhedsvurdering blev det konstateret, at selv de omstrukturerede tekniske barrierer i Maišiagala-lageret for langlivet radioaktivt affald ikke kan garantere sikkerheden på lang sigt og derfor kun kan drives som et oplagringsanlæg for radioaktivt affald og ikke kan omdannes til et deponeringsanlæg. De miljømæssige og offentlige virkninger af deponeringen øges af nærheden af Bartkuškis telemologiske reserve og Kernavė Kulturreservat (UNESCO World Heritage Site). For at undgå denne påvirkning vil radioaktivt affald blive fjernet og behandlet fra oplagringsanlægget, og deponeringsanlægget vil blive fjernet fra kontrollen med nukleare anlæg. Det forventes, at affaldet vil blive fjernet og anlægget behandlet inden udgangen af september 2023 som led i et projekt finansieret af Den Europæiske Union.