Vores hosting team EA2656, GRAM 2.0 (Military Adaptation Research Group) er et unikt team, bi-site i cotutal mellem universiteterne i Caen og Rouen. Hun er en del af et Federation Hospitalo-Universitaire (FeNOMIH), der samler tjenester inden for bakteriologi, virologi, parasitologi/mykologi, hospitalshygiejne og infektiologi hos CHU'erne Caen og Rouen. GRAM 2.0-holdet har 2 nationale referencecentre overførbare sygdomme (mæslinger/huder/rubella, hiv). Det har derfor mange aktiver til effektivt at opfylde målene for DynaMic-H-projektet. Til disse aktiver tilføjes integrationen i dette projekt af departementerne for almen medicin i UFR Santé i Caen og Rouen, der er involveret i prøveudtagning og dataindsamling inden for primær sundhedspleje. Det er et netværk af sundhedspersonale i kontakt med den brede befolkning, meget værdifuldt at beskrive konteksten for patogen erhvervelse i primær sundhedspleje. DynaMic-H-projektet bygger på en integreret tilgang til smitsom patologi under hensyntagen til indflydelsen af dynamikken i ændringer i balancen af mikrobiomer. Disse samfund af mikrobielle arter koloniserer vores organisme gennem hele livet. De interagerer betydeligt med vores fysiologiske aktiviteter, især med immun-, metabolisk og neuro-kognitive systemer.Dette forskningsprojekt fokuserer på det menneskelige mikrobiom (eller mikrobiota), som defineres som alle bakterier, vira, svampe og andre mikroorganismer, der er til stede i de forskellige områder eller økologiske nicher i vores organisme. DynaMic-H-projektet har til formål at undersøge mikrobiomer og deres interaktioner med virale og bakterielle infektioner. På grund af ekspertiseområderne hos GRAM 2.0-medlemmerne er hovedkomponenten den oropharyngeale respiratoriske mikrobiome og omfatter også to pilotundersøgelser, der involverer det enteriske rum og urin-/vaginalrummet. Prøverne vil blive udvalgt og forberedt til høj-debit meta-transkriptomisk sekventering uden a priori optimeret blandet optimeret (henholdsvis lange sekvenser og kort Nanopore- og Illumina-teknologi), der muliggør bioinformatikanalyse af forekomsten og den funktionelle ekspression af mikrobielle gener. Multivariate analyser af højstrømsdata vil identificere profiler, der er forbundet med de testede variabler. De vil være baseret på bioinformatikrørledninger, der er udviklet til og allerede er tilgængelige, tilpassede databehandlings- og lagringskapaciteter, der er til rådighed lokalt, og allerede tilgængelige transkriptomics og (meta)genomforskning af pilotprojekter og samarbejdspartnere.
