ANTIBIOTIKARESISTENTE PATOGENER SOM F.EKS. ENTEROCOCOCO-VANCOMYCINRESISTENT (REV) ER ET VOKSENDE PROBLEM HOS INDLAGTE PATIENTER OG FORÅRSAGER OFTE INFEKTIONER EFTER ANTIBIOTIKABEHANDLING. ERV-INFEKTIONER STARTER NORMALT I TARMEN. UNDER NORMALE FORHOLD KOLONISERES VORES TARM AF HUNDREDVIS AF KOMMENSALE BAKTERIER, MIKROBIOTAEN, SOM HÆMMER TARMKOLONISERINGEN AF VRE, SOM KALDES "KOLONISERINGSRESISTENS" (CR). OMVENDT ÆNDRER ADMINISTRATIONEN AF ANTIBIOTIKA SAMMENSÆTNINGEN AF MIKROBIOTAEN, SOM GØR DET MULIGT FOR VRE AT KOLONISERE TARMEN OG DEREFTER SPREDE SIG TIL BLOD, HVOR DET KAN BRINGE PATIENTENS LIV I FARE. DERFOR ER DET AFGØRENDE AT FORSTÅ, HVORDAN OG HVAD MEDLEMMER AF MIKROBIOTAEN GIVER CR, OG HVORDAN ANTIBIOTIKA FREMMER INFEKTION, HVIS VI ØNSKER AT FOREBYGGE VRE-INFEKTIONER. MANGLEN PÅ TEKNIKKER TIL ANALYSE AF MIKROBIOTAEN HAR IMIDLERTID GJORT DET VANSKELIGT AT UNDERSØGE DETTE KLINISK RELEVANTE OMRÅDE. HELDIGVIS GIVER NYE MASSESEKVENSTEKNIKKER NU MULIGHED FOR EN DETALJERET UNDERSØGELSE AF MIKROBIOTAEN OG DENS GENER (MIKROBIOM). VORES GRUPPE HAR PIONERERET DENNE NYE METODE TIL AT IDENTIFICERE MIKROBIOTA ÆNDRINGER, DER FREMMER VRE KOLONISERING OG IDENTIFICERE DE BAKTERIEARTER, DER GIVER CR. VI HAR VIST, AT FJERNELSE AF VISSE BAKTERIER FRA MIKROBIOTA, HERUNDER BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, ØGER RISIKOEN FOR INFEKTION. DESUDEN NEDSÆTTER REKONSTITUTIONEN AF MUS, DER BEHANDLES MED ANTIBIOTIKA MED DISSE BAKTERIER, BETYDELIGT VRE'S KOLONISERING. EFTER AT HAVE IDENTIFICERET SPECIFIKKE MIKROBIOTABAKTERIER, DER FREMMER CR, FORESLÅR VI I DETTE PROJEKT AT IDENTIFICERE DE MEKANISMER, HVORMED DISSE BAKTERIER GIVER BESKYTTELSE. VORES OFFENTLIGGJORTE RESULTATER VISER, AT MIKROBIOTAEN GIVER CR I MANGEL AF VÆSENTLIGE KOMPONENTER I IMMUNSYSTEMET. DERFOR VIL VI I DETTE PROJEKT FOKUSERE PÅ AT IDENTIFICERE MEKANISMER, HVORMED MIKROBIOTAEN DIREKTE GIVER RESISTENS (KOMPETENCE MED NÆRINGSSTOFFER, PRODUKTION AF HÆMMENDE STOFFER). FOR AT NÅ DETTE MÅL VIL VI FØRST DEFINERE DE NÆRINGSSTOFFER, DER ANVENDES AF PATOGEN OG BESKYTTENDE BAKTERIER (BPS) I MUS TARMEN. TIL DETTE VIL VI BRUGE OMIC TEKNIKKER (METAGENOMICA OG METATRANSCRIPTOMICA) TIL AT IDENTIFICERE GENER UDTRYKT FOR AT ERHVERVE IN VIVO NÆRINGSSTOFFER, OG METABOLOMISKE TEKNIKKER TIL AT IDENTIFICERE NÆRINGSSTOFFER, DER ER FALDET IN VIVO EFTER KOLONISERING AF VRE ELLER BPS. DESUDEN VIL VI IDENTIFICERE IN VITRO VED "ARRAYS" DE NÆRINGSSTOFFER, DER ER AFGØRENDE FOR VÆKSTEN AF VRE, OG VED HJÆLP AF EN TEKNIK TIL IDENTIFIKATION AF MUTANTER VED GENNEMFØRELSE IN VIVO, VIL VI IDENTIFICERE GENER, SOM VRE HAR BRUG FOR AT KOLONISERE TARMEN OG ERHVERVE NÆRINGSSTOFFER. NÅR DE STRATEGIER, DER ANVENDES AF VRE OG BPS TIL UDNYTTELSE AF NÆRINGSSTOFFER, ER FASTLAGT, VIL IN VITRO OG IN VIVO COMPETICION-TEST VISE BETYDNINGEN AF NÆRINGSSTOFKONKURRENCEN I CR VERSUS VRE. PÅ DEN ANDEN SIDE VIL IN VIVO-OMIC-PROFILERNE AF BPS IDENTIFICERE MULIGE INHIBITORMOLEKYLER, DER VIL BLIVE TESTET I VÆKSTHÆMNINGSASSAYS FOR AT DEFINERE DISSE MOLEKYLERS ROLLE I CR. DE OPLYSNINGER, DER INDHENTES I DETTE PROJEKT, VIL GIVE ANLEDNING TIL NYE TERAPEUTISKE STRATEGIER TIL BEKÆMPELSE AF ERV-INFEKTIONER, ET PATOGEN, DER OPNÅR RESISTENS OVER FOR DE FÅ TILGÆNGELIGE BEHANDLINGSMULIGHEDER.
