Целта на ваучера от Прага за иновативни проекти е да се подпомогне междусекторното сътрудничество на научноизследователския сектор и сектора на иновациите. Конкретните цели на проекта са: а) насърчаване на първото сътрудничество между конкретни двама партньори; насърчаване на последващото сътрудничество между сътрудничещите преди това партньори. Целта ще бъде постигната чрез обявяване на покани за представяне на ваучер в Прага за иновативни проекти, чрез които заявителят ще предоставя подкрепа на МСП за закупуване на услуги от научноизследователски организации.