Целта на проекта е изискванията на директивите на Съвета на ЕС да задължават държавите членки да извършват работа по управление на природата в области от значение за опазването на птиците и местообитанията. Проектът ще прилага мерките за опазване и управление, предвидени в документите за планиране (планове за управление на природата, планове за управление, програми за управление и др.) в защитени зони по „Натура 2000“ или части от тях. Мерките за управление на природата (напр. косене, изсичане на храсти, създаване на места за размножаване на защитени видове, възстановяване на хидроложкия режим и др.) са насочени към създаване на условия за възстановяване и опазване на местообитанията, видовете и в резултат на това към създаване на предпоставки за подобряване на стойността на защитените територии. Като част от проекта се планира управлението на 18 обекта по „Натура 2000“ (включително хидроложките преустройства в част от обектите) и разработването на 5 технически проекта за възстановяване на хидроложкия режим (за подготовка за хидроложки работи).