Нашият хостинг екип EA2656, GRAM 2.0 (Military Adaptation Research Group) е уникален екип, двусайт в cotutal между университетите на Каен и Руан. Тя е част от болница на Федерацията (FeNOMIH), обединяваща услугите по бактериология, вирусология, паразитология/микология, болнична хигиена и инфекциология на ЦУ на Каен и Руан. Екипът на GRAM 2.0 разполага с 2 национални референтни центъра за трансмисивни болести (морбили/помпи/рубея, ХИВ). Следователно тя разполага с много активи, за да постигне ефективно целите на проекта DynaMic-H. Към тези активи да се добави интегрирането в този проект на департаментите по обща медицина на UFR Santé в Caen и Rouen, участващи в вземането на проби и събирането на данни в първичната медицинска помощ. Това е мрежа от здравни специалисти в контакт с населението като цяло, много ценен за описване на контекста на придобиване на патоген в първичната медицинска помощ. Проектът DynaMic-H се основава на интегративен подход към инфекциозната патология, като се вземе предвид влиянието на динамиката на промените в баланса на микробиомите. Тези съобщества от микробни видове колонизират нашия организъм през целия живот. Те взаимодействат значително с нашите физиологични дейности, особено с имунната, метаболитната и неврокогнитивната система.Този изследователски проект се фокусира върху човешкия микробиом (или микробиотата), който се определя като всички бактерии, вируси, гъбички и други микроорганизми, присъстващи в различните отделения или екологични ниши на нашия организъм. Проектът DynaMic-H има за цел да проучи микробиомите и тяхното взаимодействие с вирусни и бактериални инфекции. Благодарение на експертния опит на членовете на GRAM 2.0, основният компонент е орофарингеалният респираторен микробиом и включва и две пилотни проучвания, включващи ентеричното отделение и отделението за урина/вагина. Пробите ще бъдат подбрани и подготвени за високодебитно метатраскриптомично секвениране без априори оптимизирана смесена оптимизация (съответно дълги последователности и къса технология на Нанопур и Illumina), което позволява биоинформатичен анализ на изобилието и функционалната експресия на микробните гени. Многовариантните анализи на данни с висок поток ще идентифицират профилите, свързани с тестваните променливи. Те ще се основават на биоинформатически тръбопроводи, разработени и вече налични, адаптирани изчислителни и складови възможности, налични на местно равнище, и вече налични транскриптомики и (мета)геномика на пилотни проекти и сътрудници.
