Министерството на финансите на Словашката република беше одобрено с Резолюция № 318/2013 на правителството като сертифициращ орган за оперативните програми за програмния период 2014—2020 г., финансирани от Европейския фонд за регионално развитие, Европейския социален фонд, Кохезионния фонд и Европейския фонд за морско дело и рибарство, включително програми по цел „Европейско териториално сътрудничество“, в която Словакия изпълнява ролята на управляващ орган. Сертифициращият орган изпълнява ролята на орган, който отговаря за координирането и насочването на органите, участващи в системата за финансово управление, изготвянето на отчетите, изготвянето на исканията за плащане и представянето им на Европейската комисия, получаването на плащания от Европейската комисия, уравняването на финансовите отношения (по-специално за нередности и финансови корекции) с Европейската комисия и на национално равнище, както и извършването на плащания по отделни програми. Този проект е насочен към финансиране на разходите за труд за административния капацитет, чиято задача е да гарантира качественото изпълнение на функциите на сертифициращия орган.