BlueBioSites syftar till att utveckla ett storskaligt projekt med målet att skapa ett effektivt Östersjösystem för identifiering och övervakning av blå bioekonomiområden som omfattar musslor och makroalger, fiskodling, mikroalger och reed skördeplatser. Projektet är inriktat på de uppgifter och den information som behövs för att identifiera nya platser samt på övervakning av befintliga anläggningar, och ska ge rekommendationer om de mest effektiva tekniska metoderna för att generera sådana uppgifter.