A) I det nuvarande R & D-projektet integrerar vi genomisk banbrytande teknik i forskningsprogram på forskarworkshopgrupperna. Syftet med projektet är att se till att våra forskningsprogram ligger i framkant internationellt inom sitt kompetensområde, och att vi tack vare de olika tillämpningar och tekniska utvecklingar som genomförts i projektet skapar ett hållbart centrum för R & D & I excellence. Det nuvarande forskningsprogrammet bygger på utvecklingen av infrastruktur för forskning, utveckling och utveckling av den vinnande GINOP-2.3.3.-15 ”Utveckling av FoU-infrastrukturen i det centrum för kunskap och service inom växtvetenskap som bygger på avancerad teknik vid universitetet i Pannonia”. I detta anbud köps bland annat en Titan MC mikroarray-enhet med hjälp av Axiom-teknik, som har marknadsförts för 5 år sedan och är tillgänglig endast på vår institution i den centraleuropeiska regionen 18 länder. Axiomsystemet erbjuder en exponentiellt bredare studiepalett än något annat mikroarraysystem, och repeterbarheten av experimentella resultat är praktiskt taget 100 %. Dessutom är systemet tillräckligt flexibelt, så det är också lämpligt för arrayutveckling baserat på sin egen forskning. En annan QuantStudio 7 qPCR-enhet (LifeTechnologies) köps i vår upphandling av infrastrukturutveckling, vilket är en annan viktig del av de studier som genomförs i detta projekt. Det tredje nyckelelementet är Illuminas nästa generations sekvenseringsteknik, utformad för små provtester, men också för kort sekvensering av de största genomen, och därmed extremt flexibelt system, NextSeq 500 System, som vi vill förvärva i detta projekt. Den kombinerade tillgången till dessa tre högteknologiska genomtekniker ger komplexa, flexibla och mycket breda testalternativ, enligt följande: 1. I en enda reaktion kan vi testa hundratals prover med mikroarray-teknik. Vi får tiotusentals genom per prov. Därför används denna metod för samtidig snabb detektion av variationer av ett stort antal kända gener. Den specifika kostnaden för ett prov är en bråkdel av den totala genomiska eller transkriptiva sekvenseringen. 2. I varje forskningsprogram sekvenseras de mest gynnsamma och ogynnsamma genotyperna/proverna med hjälp av NextSeq. Här, i det första steget, skapas ett referensgenom från testets mest värdefulla genotyp, sedan utförs transkriptomsekvensering på samma genotyp och de arbetande generna lokaliseras i referensgenomet. På samma sätt förbereder vi också transkriptionen av den mest ogynnsamma genotypen och karakteriserar skillnaderna mellan de två genotyperna. Naturligtvis kommer de referensgenom som finns i offentliga databaser att vara till stor hjälp vid sammanställningen av referensgenom gjorda av våra egna värdefulla genotyper. 3. Uttrycken av gener och genvarianter som styr egenskapen som definierats i tidigare studier analyseras med hjälp av qPCR för uttrycksförändringar i olika utvecklingsstadier, vävnader och miljöeffekter. Med hjälp av dessa tester kan man tolka den genetiska bakgrunden till komplexa egenskaper som biotiska stressreaktioner, kväveutnyttjandekapacitet eller torkatolerans. Bland programmen för forskningsverkstadsgrupper, potatisresistensuppfödning, vinstockar grundstam och adelsuppfödning, paprikaavel, åkerbruksexperiment och grisuppfödning har en historia på mer än 50 år och har stort internationellt erkännande inom sitt kompetensområde. De har en historia av årtionden, och tack vare det internationella samarbetet under de senaste åren utvecklas vår forskning om fjäderfäfoder dynamiskt. Ny forskning är vårt omfattande program för genomisk och teknisk utveckling av honungsbin, där vi också samarbetar med partner från Ungern och utomlands. Dessutom har vi en päron-, potatis- och druvgenbank som innehåller värdefulla genresurser, särskilt resistensgener, som är ett viktigt steg för att göra våra avelsprojekt effektivare. B) R & D uppgifter Att slutföra Titan MC plattform (Axiom microarray teknik) dök upp för 5 år sedan, medan NextSeq och QuantStudio 7 qPCR släpptes 2–3 år sedan. Nyheten med forskningen är byggandet av dessa tre högteknologiska tekniker på varandra: mikroarray-tekniken beskriver de enskilda testmaterialen i stora provstudier och jämför sedan de DNA-profiler som erhållits av NextSeq de mest gynnsamma och ogynnsamma genotyperna för de testade egenskaperna, och expressionsprofilen för gener som bestämmer egenskapskontrollen (utvecklingsstadium, miljöpåverkan, vävnadstyp etc.) undersöks med qPCR. Baserat på uppnådda resultat, nya, specifika, dvs. ägaren
