Vårt värdteam EA2656, GRAM 2.0 (Military Adaptation Research Group) är ett unikt team, bi-site i cotutal mellan universiteten i Caen och Rouen. Hon är en del av en Federation Hospitalo-Universitaire (FeNOMIH) som sammanför tjänster inom bakteriologi, virologi, parasitologi/mykologi, sjukhushygien och infektiologi i CHU i Caen och Rouen. GRAM 2.0-teamet har två nationella referenscentrum för överförbara sjukdomar (mässor/mumps/rubella, HIV). Företaget har därför många tillgångar för att på ett effektivt sätt uppfylla målen för DynaMic-H-projektet. Komplettera dessa tillgångar med integreringen i detta projekt av UFR Santé i Caen och Rouen, som deltar i provtagning och datainsamling inom primärvården. Det är ett nätverk av hälso- och sjukvårdspersonal i kontakt med den allmänna befolkningen, mycket värdefullt att beskriva sammanhanget av patogen förvärv i primärvården. DynaMic-H-projektet bygger på en integrativ strategi för infektionspatologi med hänsyn till påverkan av dynamiken av förändringar i balansen mellan mikrobiomer. Dessa samhällen av mikrobiella arter koloniserar vår organism genom hela livet. De interagerar avsevärt med våra fysiologiska aktiviteter, särskilt med immun-, metaboliska och neurokognitiva system.Detta forskningsprojekt fokuserar på den mänskliga mikrobiomen (eller mikrobiota), som definieras som alla bakterier, virus, svampar och andra mikroorganismer som finns i de olika delarna eller ekologiska nischer i vår organism. DynaMic-H-projektet syftar till att studera mikrobiomas och deras interaktioner med virus- och bakterieinfektioner. På grund av kompetensområdena hos GRAM 2.0-medlemmarna är huvudkomponenten den orofaryngeala respiratoriska mikrobiomen och omfattar även två pilotstudier, som involverar det enteriska facket och urin-/vaginalfacket. Proverna kommer att väljas ut och förberedas för meta-transcriptomisk sekvensering med hög debit utan en optimerad blandad blandning (långa sekvenser respektive kort Nanopore- och Illumina-teknik) som möjliggör bioinformatikanalys av mikrobiella geners överflöd och funktionella uttryck. Multivariat analyser av högflödesdata kommer att identifiera profiler förknippade med de variabler som testas. De kommer att baseras på bioinformatikledningar som utvecklats till och redan finns tillgängliga, anpassad data- och lagringskapacitet som finns tillgänglig lokalt och redan tillgänglig transkriptomik och (meta)genomik för pilotprojekt och samarbetspartners.
