A) In het huidige R & D-project integreren we genomische geavanceerde technologieën in onderzoeksprogramma’s in de onderzoeksworkshopgroepen. Het doel van het project is ervoor te zorgen dat onze onderzoeksprogramma’s internationaal voorop lopen op hun vakgebied en dat we dankzij de verschillende toepassingen en technologische ontwikkelingen die in het project worden geïmplementeerd, een duurzaam centrum van R & D & I excellence creëren. Het huidige onderzoeksprogramma is gebaseerd op de O & D-infrastructuurontwikkeling van de winnende GINOP-2.3.3.-15 „Ontwikkeling van de O & D-infrastructuur van het kennis- en servicecentrum voor plantenwetenschappen op basis van geavanceerde technologieën aan de Universiteit van Pannonia”. In deze aanbesteding wordt onder andere een Titan MC microarray-apparaat met behulp van Axiom-technologie gekocht, dat 5 jaar geleden op de markt is gebracht en alleen beschikbaar is bij onze instelling in de Midden-Europese regio van 18 landen. Het Axioma systeem biedt een exponentieel breder studiepalet dan enig ander microarraysysteem, en de herhaalbaarheid van experimentele resultaten is bijna 100 %. Bovendien is het systeem voldoende flexibel, zodat het ook geschikt is voor arrayontwikkeling op basis van eigen onderzoek. Een ander QuantStudio 7 qPCR-apparaat (LifeTechnologies) wordt gekocht in onze infrastructuurontwikkelingsopdracht, een ander belangrijk onderdeel van de studies die in dit project zijn uitgevoerd. Het derde sleutelelement is Illumina’s volgende generatie sequencing technologie, ontworpen voor kleine monsters testen, maar ook voor korte sequencing van de grootste genomen, en daarom uiterst flexibel systeem, NextSeq 500 System, dat we willen verwerven in het huidige project. De gecombineerde beschikbaarheid van deze drie hightech genomica technologie biedt complexe, flexibele en zeer brede waaier van testopties, als volgt: 1. In één reactie kunnen we honderden monsters testen met microarray technologie. We krijgen tienduizenden genomen per monster. Daarom wordt deze methode gebruikt voor de gelijktijdige snelle detectie van variaties van een groot aantal bekende genen. De specifieke kosten van een steekproef zijn een fractie van de totale genomische of transcriptieve sequencing. 2. In elk onderzoeksprogramma worden de gunstigste en ongunstigste genotypes/monsters gerangschikt met behulp van NextSeq. Hier, in de eerste stap, wordt een referentiegenoom gemaakt van het meest waardevolle genotype van de test, dan wordt transcriptom sequencing uitgevoerd op hetzelfde genotype en worden de werkende genen gelokaliseerd in het referentiegenoom. Op dezelfde manier bereiden we ook de transcriptie van het meest ongunstige genotype voor en karakteriseren we de verschillen tussen de twee genotypes. Natuurlijk zal de referentiegenomen die beschikbaar zijn in openbare databanken van groot nut zijn bij het samenstellen van referentiegenomen van onze eigen waardevolle genotypen. 3. De expressies van genen en genvarianten die de eigenschap controleren zoals gedefinieerd in eerdere studies, worden geanalyseerd met behulp van qPCR voor expressieveranderingen in verschillende ontwikkelingsstadia, weefsels en milieueffecten. Met behulp van deze tests kan de genetische achtergrond van complexe eigenschappen zoals biotische stressresponsen, stikstofbenuttingscapaciteit of droogtetolerantie worden geïnterpreteerd. Onder de programma’s van de onderzoeksworkshop groepen, aardappelresistentie fokken, wijnstokken en adel fokken, paprika fokken, akkerbouw op lange termijn experimenten en varkenshouderij hebben een geschiedenis van meer dan 50 jaar en hebben een grote internationale erkenning in hun vakgebied van expertise. Ze hebben een geschiedenis van decennia en dankzij internationale samenwerking in de afgelopen jaren ontwikkelt ons onderzoek naar pluimveevoer dynamisch. Nieuw onderzoek is ons uitgebreide genomic en technologische ontwikkelingsprogramma voor honingbijen, waarin we ook samenwerken met partners uit Hongarije en daarbuiten. Daarnaast hebben we een peren-, aardappel- en druivengenenbank met waardevolle genenbronnen, met name resistentiegenen, die een belangrijke stap zijn om onze kweekprojecten effectiever te maken. B) R & D taken die moeten worden voltooid Het Titan MC platform (Axiom microarray technologie) verscheen 5 jaar geleden, terwijl NextSeq en QuantStudio 7 qPCR werden vrijgegeven 2-3 jaar geleden. De nieuwigheid van het onderzoek is de bouw van deze 3 high-tech technologieën op elkaar: microarray-technologie beschrijft de afzonderlijke testmaterialen in grote steekproefonderzoeken en vergelijkt vervolgens de DNA-profielen verkregen door NextSeq de gunstigste en ongunstigste genotypes voor de geteste eigenschappen, en het expressieprofiel van genen die de eigendomscontrole (ontwikkelingsfase, milieueffect, weefseltype, enz.) bepalen, wordt onderzocht door qPCR. Op basis van de verkregen resultaten, nieuw, specifiek, d.w.z. de eigenaar
