Ons hostingteam EA2656, GRAM 2.0 (Military Adaptation Research Group) is een uniek team, bi-site in cotutaal tussen de universiteiten van Caen en Rouen. Ze maakt deel uit van een Federatie Hospitalo-Universitaire (FeNOMIH) die de diensten van bacteriologie, virologie, parasitologie/mycologie, ziekenhuishygiëne en infectiologie van de CHU’s van Caen en Rouen samenbrengt. Het GRAM 2.0-team heeft 2 nationale referentiecentra overdraagbare ziekten (mezelen/mumps/rubella, HIV). Het heeft daarom veel troeven om effectief te voldoen aan de doelstellingen van het DynaMic-H-project. Voeg aan deze troeven de integratie toe in dit project van de departementen Algemene Geneeskunde van de UFR Santé van Caen en Rouen, die betrokken zijn bij bemonstering en gegevensverzameling in de eerstelijnszorg. Het is een netwerk van gezondheidswerkers in contact met de algemene bevolking, zeer waardevol om de context van de verwerving van ziekteverwekkers in de eerstelijnszorg te beschrijven.Het DynaMic-H-project bouwt voort op een integratieve benadering van infectieuze pathologie waarbij rekening wordt gehouden met de invloed van de dynamiek van veranderingen in het evenwicht van microbiomen. Deze gemeenschappen van microbiële soorten koloniseren ons organisme gedurende het hele leven. Ze interageren aanzienlijk met onze fysiologische activiteiten, met name met de immuun-, metabolische en neurocognitieve systemen.Dit onderzoeksproject richt zich op het menselijke microbiome (of microbiota), dat wordt gedefinieerd als alle bacteriën, virussen, schimmels en andere micro-organismen die aanwezig zijn in de verschillende compartimenten of ecologische niches van ons organisme. Het DynaMic-H project heeft tot doel microbiomen en hun interacties met virale en bacteriële infecties te bestuderen. Vanwege de expertisegebieden van de GRAM 2.0-leden is het hoofdbestanddeel het orofaryngeale ademhalingsmicrobioom en omvat het ook twee pilotstudies, waarbij het enterische compartiment en het urine-/vaginale compartiment betrokken zijn.De monsters zullen worden geselecteerd en voorbereid voor high-debit meta-transcriptomische sequencing zonder a priori geoptimaliseerde gemengde geoptimaliseerde (lange sequenties en korte Nanopore- en Illumina-technologie) die bio-informatica-analyse van de overvloed en functionele expressie van microbiële genen mogelijk maken. Multivariate analyses van high-flow data identificeren profielen geassocieerd met de geteste variabelen. Zij zullen gebaseerd zijn op bio-informaticapijpleidingen die zijn ontwikkeld en reeds beschikbaar zijn, aangepaste computer- en opslagmogelijkheden die lokaal beschikbaar zijn, en reeds beschikbare transcriptomics en (meta)genomica van proefprojecten en medewerkers.
