Het ministerie van Financiën van de Slowaakse Republiek is bij regeringsresolutie nr. 318/2013 goedgekeurd als certificeringsautoriteit voor de operationele programma’s van de programmeringsperiode 2014-2020 die worden gefinancierd door het Europees Fonds voor Regionale Ontwikkeling, het Europees Sociaal Fonds, het Cohesiefonds en het Europees Fonds voor maritieme zaken en visserij, met inbegrip van programma’s van de doelstelling „Europese territoriale samenwerking”, waarin Slowakije de rol van beheersautoriteit vervult. De certificeringsautoriteit vervult de rol van de instantie die verantwoordelijk is voor het coördineren en begeleiden van de instanties die betrokken zijn bij het systeem voor financieel beheer, het opstellen van de rekeningen, het opstellen van betalingsaanvragen en het indienen ervan bij de Europese Commissie, het ontvangen van betalingen van de Europese Commissie, het vereffenen van de financiële betrekkingen (met name voor onregelmatigheden en financiële correcties) met de Europese Commissie en op nationaal niveau, en het verrichten van betalingen aan individuele programma’s. Dit project is gericht op de financiering van arbeidskosten voor administratieve capaciteit, die tot taak heeft de kwaliteit van de taken van de certificerende instantie te waarborgen.