Le molecole di RNA svolgono funzioni chiave negli organismi viventi. Queste funzioni dipendono dalla struttura 3D e sono spesso modulate da piccole molecole chimiche. Molti RNA sono bersagli di piccole molecole di farmaci, e c'è una crescente domanda per lo sviluppo di nuovi, e sui metodi per analizzare le interazioni RNA-ligando. Sfortunatamente, la determinazione della struttura sperimentale per complessi RNA-ligand è molto difficile e costosa. I metodi computazionali sono stati sviluppati per predire le strutture 3D dell'RNA, tuttavia non ci sono metodi per modellare strutture 3D e dinamiche di complessi RNA-ligand. Proponiamo di sviluppare un metodo computazionale per prevedere le interazioni RNA-ligand con piena flessibilità. Consentirà simulazioni di cambiamenti conformazionali nelle molecole di RNA in risposta al legame dei ligandi. Le previsioni saranno convalidate sperimentalmente — in studi di RNA noti per essere regolati da piccole molecole, e svilupperemo nuovi inibitori per gli RNA da patogeni batterici e virali.